Si quieres reproducir practicamente todos los formatos de vídeos desde tu iPad te debes probar CineXPlayer, podrás reproducir cualquier vídeo con solo pasarlo a iTunes y sincronizarlo, no necesitarás convertir nada.
CineXPlayer es la primera versión de esta aplicación por lo que aun tiene algunas cosas que pulir, pero hay que decir que funciona bastante bien y además es gratuita.
Descarga CineXPlayer