Handbrake es un magnifico codificador de vídeo,el programa es bastante intuitivo en cuanto a su forma de uso. Lo puedes ejecutar en el S.O. que quieras ya que es multiplataforma y ademas es de código abierto.
Soporta como entrada de vídeo multitud de formatos, para la salida de archivo MP4, MKV, AVI u OGM , para la salida de vídeo MPEG-4,H.264 o Theora y como salida de audio Audio AAC,MP3, Vorbis o AC-3.
Aparte de esto tiene muchas otras herramientas como añadir subtítulos o algunas funciones que nos facilitan el trabajo como puede ser formatos predeterminados más comunes, para la PSP, iPhone etc.
Yo uso DeVeDe tanto en win como en ubuntu y hasta ahora va de maravilla y es superfacil de usar, aunque este se ve más completo.