En Linux, notamos al poco tiempo de usar nuestra distro que el portapapeles no tiene el mismo comportamiento que en Windows. En el sistema operativo maldito la información se mantendrá en el portapapeles hhasta que se sobreescriba con otra. En Linux, sin embargo, los datos copiados al porapapeles se pierden en cuanto se cierra la aplicación de la que se copiaron.
Para evitar esto, a veces algo molesto, existen aplicaciones que mantienen los datos copiados aunque cierres la fuente de los mismos. Una de las más conocidas, Glipper, que a mí no me terminaba de agradar. Podéis probarla con
$ sudo aptitude install glipper
Y la otra es DDM (Desktop DATA Manager) que puedes descargar desde su web.